以前もちょっと経験があったのですが、さくらインターネットでMTをインストールして使ってたらなんだか全角の「～（チルダというらしい）」が「?」に化けてる。
それでちょっと調べたのですが、MySQLの文字コードとMTの文字コードの違いで発生するようです。
以下のサイトを参考にして対応しましたのでメモ。
Movable Typeで～が？に文字化けしてしまう問題解決orz
1, phpmyadminを使ってDBをエクスポート
2, エクスポートしたデータの中にCHARSET=ujisとなっている箇所があったので、CHARSET=utf8に変更
3, 変更したものを再度インポート
以上で再度MTから「～」を入力しましたが文字化けがなくなりました。簡単でした。
この方法で解決しない場合は10進数で表示させたりといった方法がありますが、「~（半角のチルダ）」と入力したものが「～（全角のチルダ）」に変換されるプラグインを作ってますのでよろしければどうぞ。
KaraHenkanプラグイン
<mt:EntryBody>といったMTタグにkara=”1″を付ければmt:EntryBodyに「~」「〜」が含まれている場合に「～」へ変換してくれます。
例）<mt:EntryBody kara="1">